全てのファイル、フォルダ及び共有の変更に関するポップアップが表示されますが、アプリケーションの設定画面にて通知を無効にする事ができます。

1. PCのデスクトップ右下より下記のアイコンをクリックし、デスクトップ管理画面を開きます。

 
2. 「ファイルメッセージを無効化する」にチェックをれると、ポップアップ通知が無効となります。
なお、クライアントを一度ログアウトしていただきませんと、設定は有効となりません。
ログアウト後、再度クライアントを立ち上げてログインし直してください。

 通知を無効に設定してもファイルの競合などの重要システムメッセージが表示されます。